当前，各地花卉业发展迅速，而税收管理却没能相应跟上，出现了一些税收管理漏洞。
多头征税增加了征管难度。根据规定，凡占用耕地搞种植、自产自销的业户要缴纳农业特产税和个人所得税，农业特产税由财政部门征收，个人所得税由地税部门征收；凡从事购销搞贩卖的，要缴纳增值税和所得税。大多数花卉生产经营者既从事自产自销，又从事购销（混合销售），财政、国税和地税机关都有权对其征税。然而绝大多数业户无账或不单独记账，要分清各自计税依据十分困难，加大了征管难度。
税收政策界限不清。花卉生产经营既有免税产品，又有应税产品，但是，其外购花木种养一段时间又出售的，政策上没有明确规定是否应该征税。即花卉生产经营者外购花木种进田里，栽进盆里以及外购盆景养了一段时间再出售，是否征税、怎样征税没有明确规定，而这部分销售是一个不小的数目。由于没有充分的依据，国税机关在核定和征税时，一般只对外购盆栽花木进行应征的税核定、征收。