废止农业税除了减轻农民负担外，也与农业税税制本身的不合理性有关。我国农业税与工商税收相比较，一个显著的区别，就是工商税收基本上是与纳税人实现的真实收入密切相关，有收入则缴税，无收入则不缴税，收入多者多缴、少者少缴。而农业税虽然在理论上是对农业收入征税，但实际上是与纳税人使用的土地和种养殖行为密切相关的，其中对种植粮食作物、薯类作物和棉花、麻类、油料、糖料等部分经济作物的土地，按计税土地亩数和评定的每亩常年产量计税；对烟叶、园艺、水产、林木、牲畜、食用菌等（习惯称农业特产）种养殖，按规定应根据实际产量和收购价格计算的实际收入计征农业特产税，但由于核实实际产量比较困难，农业特产税在大部分地区已演变为对种养殖农业特产的行为估税，一些地方甚至按人头或地亩平摊。这样，农业税的征收，人为因素过大，税负与纳税人的真实收入及负税能力相脱节。

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