内容提要：我国自2000年开始实施医疗机构分类管理制度以来，分别适用于营利性医疗机构与非营利性医疗机构的课税规则也随之相应形成，造成两者差异巨大的税收负担。差异性的税负也成为进一步加剧两者不平等的市场竞争地位的重要因素，阻碍营利性医疗机构的发展。本文从分析现行医疗机构课税制度的现状入手，分析医疗机构承担各个税种纳税义务的主体资格，并以此为基础，对完善医疗机构课税制度提出若干建议。

关键词：医疗机构,分类管理,税负差异