2007年7月1日，《中华人民共和国农民专业合作社法》（以下简称《农民专业合作社法》）正式施行。2008年之后，财政部、国家税务总局发布了支持农民专业合作社的相关税收政策，给予农民专业合作社税收优惠政策扶持。由于农民专业合作社本身的特殊性，目前针对农民专业合作社的税收管理还存在一些问题，亟待完善。

一、农民专业合作社及其税收管理中存在的主要问题

由于《农民专业合作社法》规定设立农民专业合作社时不需要提供验资报告，只要求提供“出资成员签名、盖章的出资清单”即可，致使税务机关在为农民专业合作社办理税务登记时不确定是否应参照相关法律执行；在营业执照中工商部门对农民专业合作社的单位性质、注册类型等没有进行明确，税务机关也没有相应的具体规定，使得税务登记无法准确划分单位性质、注册类型、所属行业等；税务登记表只有企业和个体两种样式，没有专门的农民专业合作社法人登记表；ctais2.0流程中必选项没有增加农民专业合作社的相关内容，等等，这些征管配套规定和办法都亟待完善。

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