一、问题

（一）货物运输业营业税扣除额未纳入国家税务总局交叉稽核范围

货物运输业发票既是增值税抵扣凭证，也是营业税计税依据扣除凭证，但在实际工作中，货物运输业营业税扣除额还没有纳入国家税务总局交叉稽核范围，“票表比对”管理主要停留在手工操作上。其结果是，很多自开票纳税人均存在着联运抵扣营业额的现象，相当部分的受票单位都是省外单位，如果逐一采取外调核查的方式，工作量巨大，耗费时间长。货物运输业发票作为营业税扣除凭证时，税务机关往往无法判断票面信息的真实性。

（二）代开票纳税人存在着不平等的税收待遇

2004年7月8日，国家税务总局《关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）规定，“代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用”。这项规定存在着如下几个问题：

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