“营改增”后，交通运输业面临以下税收征管问题：

第一，可抵扣进项税额较少，短期内税负上升。大型运输工具和大型设备的采购成本较高，且大部分设备都是在“营改增”试点之前购置，无法抵扣进项税额。过路、过桥费等费用支出无法抵扣进项税额。采取挂靠经营模式、以收取挂靠人管理费形式取得收入的一般纳税人，经营中发生的车辆购置费、燃油费、修理修配费等仍由挂靠人承担，被挂靠人无法取得合法有效凭证抵扣进项税额。

第二，挂靠经营模式多，税收征管难度大。交通运输业的经营收入往往由挂靠人直接产生，一些被挂靠企业不对挂靠人的收入统一进行会计核算，造成纳税主体与生产经营主体不一致的情况。由于管理费收入属于被挂靠人，而运输收入属于挂靠人，其经营收入的核算范围存在分歧，被挂靠人与挂靠人收入划分不明，对其经营收入仅核算管理费部分还是全部收入，界定模糊。交通运输业市场流动性强、现金交易量大，一些挂靠人和个人车辆在完成运输业务后无法提供运输发票，而运输委托人常因增值税专用发票可以抵扣进项税额而要求提供运输服务的一方提供增值税发票，形成了“开票公司”的不法需求市场，使得一般纳税人增值税专用发票管理存在潜在风险。

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