我国为保护耕地，要求农用地转为建设用地的，均应办理农用地转用审批手续。现实中有些单位和个人在农用地转用审批手续下达前就开始占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设。这种情况下，耕地占用税该怎么缴纳呢？本文通过一个案例进行分析。

甲公司因新建厂房需占用耕地，于是向乙县政府申请a 地块的土地使用权，乙县政府以自己的名义逐级上报省政府，申请办理a 地块农用地转建设用地手续。在此期间，甲公司未经批准占用了a 地块修建厂房，并向税务机关申报缴纳了耕地占用税。厂房修建完成后几年，省政府批复了乙县政府a 地块农用地转建设用地的申请，乙县政府向税务机关申报缴纳了a 地块涉及的耕地占用税，并将其出让给甲公司。此时甲公司认为乙县政府是a 地块的耕地占用税纳税人，遂向税务机关提出退税申请。税企双方发生了争议，如何处理呢？

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