北京市注册税务师管理中心建立并不断完善内部管理制度，提高了对注册税务师行业的监督管理水平。
一是加强各项基础建设，完善内部管理制度。根据市场经济的要求以及行业管理的现状，结合北京市注税行业实际，北京市注册税务师管理中心制定了财务管理暂行办法、固定资产管理办法、计算机设备管理办法、事务所档案管理办法、票据管理办法、考勤管理办法、办公会议制度等，做到了有章可循，制度规范。
二是注册管理规范有序。2004年以来，管理中心不断加强注册管理的制度化建设，严格执行总局关于《注册税务师管理暂行办法》、《有限责任税务师事务所（合伙税务师事务所）设立及审批暂行办法》、《注册税务师后续教育培训暂行办法》、《税务代理工作底稿》等文件，推广使用了税务师事务所会计核算软件。《行政许可法》实施后，为规范工作程序，先后多次召开研讨会和办公会，制定了北京市注册税务师及税务师事务所备案管理办法，对取得注册税务师执业资格人员明确了管理原则和具体管理办法，并对税务师事务所的合并、变更、注销的具体办理手续予以明确，规范了办事程序，保证中心工作的正常运转。规范管理，促进了北京市注册税务师行业的健康发展。目前，北京市共有171家税务师事务所，注册税务师2691人，其中执业1706人，2004年收入1.7亿元。