一、现代物流企业存在营业税重复征税问题

重复征税是目前存在于物流行业税收方面的最主要的问题。由于目前我国的大多数物流企业规模还无法承担货物的运输、装卸、仓储等所有环节的服务功能。因此，物流企业采用总包的形式经营，而且，总包以后还会进一步分包。按照国家税务总局规定，如果属于《国家税务总局关于试点物流企业税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）规定的试点物流企业名单以外的企业，每分包一次就要开一次票，以分包额作为营业额，征一道营业税。这样，试点名单之外的企业必然存在重复征收营业税问题。

二、现代物流企业因营业税税目划分导致营业税税负增加

按照现行营业税的相关规定，纳税人从事不同营业税税目的服务将征收税率不同的营业税，然而，由于现代物流业中总包、分包等经营形式的存在，现实中把每个物流服务项目具体分割开来存在难度，在这种情况下，纳税人从事不同税率的多项经营业务时，税务部门则从高适用税率征税，这无疑会加重提供一体化综合物流服务的物流企业的税收负担。

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