所谓“营改增”差额征税，是指试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策可以差额征税，“营改增”后又不能根据现行政策安排解决重复征税问题的，可以把取得的全部价款和价外费用扣除支付给非试点纳税人和试点纳税人特定项目价款之后的余额作为销售额，据此征收增值税的征税方法。

根据财税[2011]111号文，交通运输业差额征税的特殊性在于，试点纳税人中提供交通运输业服务的小规模纳税人支付给试点纳税人的价款，如果符合国家有关营业税政策规定的差额征收政策，则“营改增”后仍可按差额征收增值税。而在部分现代服务业中，除“物流辅助服务”中的“国际货物运输代理服务”外，试点纳税人向试点纳税人支付的款项均不得实行差额征税政策。交通运输业差额征税的这一特殊性规定，其原因在于其他的试点行业在营业税政策下税率一般是5%，试点后作为增值税小规模纳税人税负将有所下降。而交通运输业在营业税政策下税率为3%，其联运业务还可以实行差额征税，但由于小规模纳税人不能抵扣进项税额，“营改增”后从事联运业务的小规模纳税人税负将较之前显著增加。正因为此，对于从事交通运输服务的小规模纳税人给予了这项特殊规定。

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