某有色金属有限公司(以下简称“b公司”)是某股份有限公司(以下简称“a公司”)的控股子公司，原有股东两名，分别为a公司和某设计研究院(简称“c公司”)，b公司于2002年成立，是专门从事开发研究有色金属材料、稀有金属和非金属材料新工艺、新材料、新装备开发的科研机构，是a公司专属的研发基地。a公司组织架构非常复杂，下设技术公司、设计公司、监理公司，每个公司都是独立核算，但也有业务往来。b公司自成立以来，发生的重大风险事项以及税收风险点主要有：

股权转让行为。2011年3月b公司股权结构发生变化，c公司将其持有的全部股份(1000万元，占25%股份)转让给a公司。股权结构变动后，b公司成为a公司的全资控股子公司。而后a公司和b公司各作为出资方投资成立某科技有限公司(简称“d公司”)，其中a公司占70%的股权，b公司占30%的股权。

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