1994年税制改革后，增值税已成为我国名副其实的主体税种，为聚集财政收入做出了相当大的贡献。但是我们也应该看到，我国的增值税无论在税收制度方面，还是在征收管理方面，都还存在着不少问题，亟待加以完善，特别是增值税的征管模式必须改革。

从存在的问题来看，首先表现在增值税的征管办法所要求的纳税环境同我国现实纳税环境不相符。目前，我国采用的是那些法制健全。税收处罚力度大和社会环境约束强的国家采用的增值税征管办法，无论是实行扣税法，还是曾实行过的扣额法，由于我国银行与税务部门配合方面存在着许多不相容、不严密的地方，以至于依赖银行实施对纳税人应缴税款监控的增值税征管办法也必然出现相当大的缺陷，最为突出的是，现行增值税由纳税人自行申报，按照纳税人自行提供的增值税专用发票“凭票抵扣、以‘票’管税”的征管办法，将税务机关的税务管理引向了发票管理，使本应对纳税人资金运行进行的监控转到了对其提供的发票的真假性质和数量的鉴别上，问题出得越多，就越在发票上“加强管理”，“亡羊”而不“补牢”。其次，主要由于征管办法的不适应导致偷逃骗税现象严重的现实，影响了增值税征收范围的扩大和健全，建筑安装、交通运输等业务收入一直没有课征增值税，导致扣除方法和实际适用税率复杂化，致使增值税“链条”中断。其三，处于满足财政需求考虑而不实行“消费型”增值税，固定资产折旧部分所含增值税税负得不到扣除，但采用的却是“消费型”的增值税税率，导致对资本课税(而且是课以较高的税)的不良结果。即使采用降低适用税率的“保守疗法”，也不能解决“生产型”增值税对资本课税这种与当前扩大投资需求、发展经济宏观政策相悖的问题，而且由于征管办法没有根本性改变，几乎可以预期，就是降低了税率也解决不了当前增值税专用发票征管办法下存在的偷逃骗税问题。由于增值税管理难，改革也难，不少人甚至怀疑增值税的优越性，提出了“增值税在我国是否适应”的疑问。

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