1994年税制改革后，我国以增值税和所得税为主体的“双主体”税制结构逐步合理完善，但仍然存在一些缺陷，主要表现在:流转税比重偏大，所得税比重过小；在流转税类中，增值税比重过大，消费税比重较小；在所得税类中，个人所得税比重过小，所得税主要依赖于企业所得税；社会保障税等税种尚未开征。

我国现行税制结构存在上述缺陷的主要原因是:我国经济发展水平较低，长期粗放型经济增长方式导致了经济效率低下，造成了所得税税基过窄，限制了所得税类收入比重的上升；我国长期奉行的经济体制中计划色彩浓厚，政府对经济的直接控制造成了作为价格附加的流转税的畸形发展，间接税与直接税比例失调，流转税在税收收入总额中比重过高；在经济政策(主要是税收政策)执行中为吸引投资而允许大量税收优惠的存在，不仅减少了所得税类收入的数额，而且造成了对税制结构的扭曲；我国的税收管理水平还比较落后，为组织收入的需要，决策层偏好于间接税；同时，由于税收管理上的原因，纳税人在直接税的缴纳上存在较严重的偷逃税行为。

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