海关完税凭证，作为增值税进项税额抵扣凭证，它涉及税务机关和海关两个部门，是税收征管中的热点和难点。而增值税抵扣凭证管理系统是金税三期的重要组成部分，它对海关完税凭证抵扣管理起到了积极的作用。武汉市国税局多次对全市使用海关完税凭证抵扣税款企业进行排查，坚持抵扣凭证申报的一级稽核，发现并防堵了一些违规申报抵扣行为。当前海关完税凭证管理中还存在一些值得注意的问题：

稽核手段落后，电子数据明细无法直接读取。税务系统现在使用的抵扣清单受理软件，只能读取汇总数，无法看明细数，不能一笔一笔核对，造成数据采集质量不高。

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