日前，税务咨询机构由税务机关行政上直接领导的占多数，也有不少由学会领导的，完全独立的几乎没有。税务咨询机构在隶属关系上所面临的问题有：一是咨询工作还未立法，咨询机构难以独立，需要隶属或挂靠其它单位；二是绝大多数咨询机构是由行政部门支持办的；三是往往用习惯了的行政方式处理咨询事务。国外大多数咨询机构一般在组织上不隶属于政府、企业或事业单位，也不受其约束和控制，如美国的兰德公司，又如西德国会1980年通过的有关报告也明确指出，政府对于咨询业的业务活动采取不干预原则。咨询业自身的性质、地位和作用决定了它必须向着独立性机构的方向发展。咨询机构不能成为行政部门的附属单位，也不能按行政方式管理和开展工作，否则就失去了存在的意义。目前一些税务机关采取类似行政、事业、直属单位的管理方式去管理咨询机构，这很不利咨询业的发展。行政部门的监督和指导是必要的，但不能用行政方式去领导。