几年来为使“自核自缴”制度顺利实施，各地区均有试点工作，并取得了初步成效，但是就目前税收征管的现状来看，普遍推行纳税人“自核自缴”制度还存在许多问题；

一是各种经济成分急剧增加，纳税总体质量偏低。随着经济的深入发展，我国涉外企业、联营体、股份制、个体、私营企业增长较快，特别是个体和私营经济本身纳税意识较低，对税法了解甚少，目前在税务专管员直接辅导下尚做不到准确及时交纳税款，离达到“自核自缴”要求有较大的距离。

二是对税收违法行为处罚不严，缺乏刚性。如有的纳税业户长期不到税务机关申报纳税，查出后只是补交税款没有处罚措施，纳税人发生滞纳行为后千方百计地申请减轻处罚，税务机关实施相应措施受到许多方面的干扰。由于处罚制度缺乏刚性，因此“自核自缴”制难以达到准确、完整、及时。

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