对善意取得的虚开增值税专用发票，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发［2000]187号）的规定，购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。此时，可以根据重新获得的增值税专用发票来抵扣进项税，并计算有关成本费用在企业所得税前扣除。

如果不能重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，那么，根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业通过虚开增值税专用发票购进的货物所得税处理问题的批复》（国税函［2003]112号）的规定，购进货物所支付的货款，在计算企业应纳税所得额时，不得作为成本费用扣除；另外，企业缴纳的增值税（包括因取得虚开增值税专用发票而被查补的增值税）在计算企业应纳税所得额肘，也不得作为成本费用扣除。