协查作为税务稽查部门处理虚开发票问题的主要方式，因货物流、资金流、发票流（以下简称“三流”）信息核实难、存在信息孤岛等因素，客观上造成执法成本较高。一方面，“三流”信息核实难。税务稽查部门对发票的监管属于开后溯查，目前的税收征管系统尚未全面覆盖纳税人的涉税交易信息，“三流”信息在时间、部门、区域上的不对称性，客观上使税务稽查部门对业务全流程的查询和追溯，难以形成完全有效的取证闭环。另一方面，存在信息孤岛。对内，税务系统根据不同业务信息开发多种系统，一定程度上制约了系统间部分数据的流畅互通；对外，由于税务、公安、海关、银行等不同部门间缺少信息共享制度规范，存在数据壁垒，导致税务稽查部门难以掌握全面的信息数据。

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