根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税［2005]165号）的规定，纳税人代有关行政管理部门收取的费用，凡同时符合以下条件的，不属于价外费用，不征收增值税：一是经国务院、国务院有关部门或省级政府批准；二是开具经财政部门批准使用的行政事业收费专用票据；三是所收款项全额上缴财政或虽不上缴财政但由政府部门监管，专款专用。而水资源费一般是根据省级人民政府规定征收的，可以不缴纳增值税。但如果自来水公司并未使用财政部门批准使用的行政事业收费专用票据，而是使用了销售发票或增值税专用发票，那就属于应征增值税的项目。因此，从自来水公司取得的增值税专用发票，如果包含水资源费就可以抵扣这部分的进项税额

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