间接出口是指进料加工项下的产品或半成品不直接出口而结转给另一承接进料加工企业再加工后出口。海关对经批准的企业进料加工项下半成品结转办理保税结转手续，深加工企业承攘的半成品予以全额保税，这种保税货物在不同企业之间的结转业务，海关称为“结转加工”或“转厂加工”。对这种业务，调入地海关视同进口；调出地海关视同出口。而且由于转厂加工业务均收取外汇，外汇管理局也视同出口业务。因此，税务部门对其发票管理也比照出口货物办理，不允许开具增值税专用发票，只能开具出口发票。

根据《国家税务总局关于外商投资企业出口货物若干税收问题的通知》（国税发[1996]123号）的规定，1993年12月31日前批准设立的外商投资企业之间开展的间接出口业务免征增值税，购进的国产货物的进项税额不作抵扣。1994年1月1日以后批准设立的外商投资企业直接出口产品，实行免抵退税，其间接出口业务没有明确免税或实行免抵退税政策，只能视同内销征税。在实际操作中，上游企业因执行征税政策而遇到如下障碍：一是进口料件系保税货物，企业没有抵扣凭证，进项税额不能抵扣，致使这→环节税负畸高，上游企业、承接企业实际上均失去了保税的优惠待遇；二是由于海关、外汇等部门对间接出口视同直接出口管理，上游企业如果要缴纳增值税，已纳税额则因不能开具增值税专用发票而不能正常结转，这势必造成承接企业深加工产品最终出口抵扣税额减少，产品含税出口，降低我国产品、加工企业在国际市场的竞争力，与国家制定的支持加工贸易保税政策、出口退税等优惠政策的初衷相悖。同时，也造成企业进料加工与购进国产原料退税两者税收待遇上的差异。

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